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ジェネシス軍を倒せ！
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ジェネシス軍を倒せ！ ◆
侵行！ ジェネシス軍 ◆
| 名称 | 内容 | 出現モンスター | 報酬 | 備考 | 出現条件 |
| 海岸の敵を討て！ | Gアサシン、ブラッドテイスト×2を撃破 | Gアサシン、ブラッドテイスト | ブロンズバングル | 宝：エクスポーション、ポーション | (S)「3 俺たちはモンスターじゃない」クリア |
| 大型兵器を破壊しろ！ | ガードスパイダーを撃破 | Gアサシン、ヘリガンナー | アイアンバングル | 宝：万能薬 | (M)「海岸の敵を討て！」クリア |
| コピー軍団を倒せ！ | Gイレイサー、Gアベンジャー×2を撃破 | スイーパー、サポテンダー※1 | APアップ | 宝：リストバンド | (S)「4 天使の夢はひとつだけ」クリア |
| デスマシーン破壊作戦 | カッターマシン、パイルマシン、ショットマシンを1体ずつ撃破 | スイーパー、レッドソーサーI | 体力アップ | 宝：エクスポーション、ハイポーション | (M)「コピー軍団を倒せ！」クリア |
| デスマシーン隊を叩け！ | カッターマシン、パイルマシン、ショットマシンを撃破 | スイーパー、レッドソーサーI | ミスリルの小手 | 宝：エーテル | (M)「デスマシーン破壊作戦」クリア |
| ミッドガル防衛作戦 | Gアサルト×2、Gウォーリアを撃破 | ビーソーサーI、モススラッシャー、Gアサルト | ミスティール | 宝：サンダーLv1、万能薬、エスナLv1、ソーマ | (S)「5 みんな どこにいっちまったんだ…」クリア |
※1：サポテンダーがいるので、倒すとミッションが追加されます
ジェネシス軍大攻勢！ ◆
| 名称 | 内容 | 出現モンスター | 報酬 | 備考 | 出現条件 |
| スラムの敵を攻撃せよ！ | Gバトラー、Gスマッシャーを撃破 | Gアタッカー、Gバトラー | 雷の腕輪 | 宝：ソーマ | (S)「6 ソルジャーの誇りは手放すな」クリア |
| 輸送船を奪回せよ！ | Gブレイダー×2を撃破 | メタルソーサーI、Gダイバー | MPアップ改弐 | 宝：ゼイオの実、ハイポーション、真珠のネックレス、回転攻撃、ジャンプ | (S)「7 ジェネシスは本当に死んだのか」クリア |
| 敵の拠点を攻撃せよ！ | ジェネラルタンクを撃破 | Gトルーパー、Gブレイダー、サポートマシン | 魔法剣ファイア | 宝：エリクサー、エクスポーション、サンダラ
落：ブロンズバングル | (M)「輸送船を奪回せよ！」クリア |
| 攻撃計画を阻止せよ！ | ガードスコーピオンを撃破 | メタルソーサーI | 魔法剣サンダラ | 宝：銅の腕輪
落：防弾チョッキ | (M)「敵の拠点を攻撃せよ！」クリア |
| 敵の姿を追いかけろ！ | Gデリーター×2を撃破 | Gレギオン、Gデリーター | 魔よけのおふだ | 宝：フェニックスの尾、マインドストーン×3
落：グラビデ×2 | (S)「9 わかった 会いにいく」クリア |
| 荒野の敵を阻止せよ！ | Gエリミネーターを撃破 | Gプレデター、スカイガンナー | クリスタルの小手 | 宝：ストップ、エリクサー
落：MPの魔晄石 | (S)「10 俺たちは英雄だ」クリア |
激闘！ ジェネシス軍団 ◆
| 名称 | 内容 | 出現モンスター | 報酬 | 備考 | 出現条件 |
| 緊急事態！！ | Gプレデター、Gスレイヤーを撃破 | バウンドハンター、Gスレイヤー、Gヴァリアント | 銀の腕輪 | 宝：チタンバングル、力アップ改弐、フォウスロット、エクスポーション | (M)「荒野の敵を阻止せよ！」クリア |
| 洞窟基地を破壊せよ！ | レッドスコルピオを撃破 | バウンドハンター、Gヴァリアント、クレージーダガー | 魔法剣ファイガ | 宝：エリクサー
落：神羅安式防具 | (M)「緊急事態！！」クリア |
| 奇襲！ ミッドガル | Gデバステーター×2を撃破 | ビーソーサーIII、Gヴェレテス | アスピガ | 宝：銀の腕輪、マバリア | (M)「洞窟基地を破壊せよ！」クリア |
| 拠点破壊作戦 | Gバルドール、Gデバステーターを撃破 | Gバルドール、Gヴェレテス、スカイアーマー | ドレイン剣 | 宝：ギザールの野菜、ハイポーション、エイジスの腕輪 | (M)「奇襲！ ミッドガル」クリア |
| 決戦！ ミッドガル | スイーパー改2×2、Gデバステーターを撃破 | Gスパルタン、スイーパー改2、Gバルドール、Gデバステーター | 回転攻撃･改 | 宝：アダマンタイト | (M)「拠点破壊作戦」クリア |
| 魔晄施設奪還 | Gドミネーターと戦闘 | Gスパルタン、スイーパー改2、Gバルドール、ベルゼキュー※1 | ふきとばし | 宝：ダイヤブレス、ヘルサンダガ
落：魔力の魔晄石 | (M)「決戦！ ミッドガル」クリア |
※1：通常戦闘でベルゼキューが即死攻撃をするので対策を取ろう
進化するジェネシス軍 ◆
| 名称 | 内容 | 出現モンスター | 報酬 | 備考 | 出現条件 |
| マテリア奪還作戦 | シューターマシン×2、ベルゼキューを撃破 | ベルゼキュー、Gスパルタン | 電撃 | 宝：エリクサー | (M)「魔晄施設奪還」クリア |
| 強化コピーの脅威 | Gプラウラー×4を撃破 | メタルソーサーIII、シューターマシン、Gプラウラー | 死のジャンプ | 宝：ハイパーリスト、ダークマター | (M)「マテリア奪還作戦」クリア |
| 強化コピー軍団 | スピットファイア、Gジェネラルを撃破 | スピットファイア、メタルソーサーIII、Gプラウラー | ミスリル×3 | 宝：3連ファイア、属性攻撃 | (M)「強化コピーの脅威」クリア |
| ミッドガル 再び | Gガーディアン、Gジェネラルを撃破 | Gジェネラル、Gプラウラー、ヘルスラッシャー、メタルソーサーIII | フレア | 宝：エクスポーション、急所斬り | (M)「強化コピー軍団」クリア |
| コピー工場を破壊せよ！ | Gガーディアン、Gケントウリオ×3を撃破 ※1 | ヘルハウンド、ヘルスラッシャー、Gケントウリオ | アダマンタイト×3 | 宝：ダークマター、ミスリル | (M)「ミッドガル 再び」クリア |
| 最強コピー登場！ | Gプルガトリオを撃破 | ヘルハウンド、Gガーディアン、Gケントウリオ | SPターボ魔法 | 宝：エリクサー、海チョコボの腕輪、ルナハープ、フェニックスの尾、ゼイオの実 | (M)「コピー工場を破壊せよ！」クリア |
※1：Gケントウリオは即死攻撃を行うので対策を取ろう
最強コピー軍団を倒せ！ ◆
| 名称 | 内容 | 出現モンスター | 報酬 | 備考 | 出現条件 |
| コピー軍団を迎撃せよ！ | Gプルガトリオ、Gケントウリオ×2を撃破 | ヘルハウンド、Gガーディアン、Gケントウリオ | 英雄の薬×3 | 宝：ハンマーパンチ、カイザーナックル、エクスポーション | (M)「最強コピー登場！」クリア |
| コピー基地を強襲せよ！ | Gイントルーダー×4を撃破 | Gプルガトリオ、Gイントルーダー、ビーソーサーIV | 英雄の薬×2 | 宝：鉄拳パンチ、プラチナバングル | (M)「コピー軍団を迎撃せよ！」クリア |
| 特殊部隊を殲滅せよ！ | Gヘタイロイを撃破 | Gプルガトリオ、Gイントルーダー、ビーソーサーIV | ウォール | 宝：神羅安式防具改、フレア | (M)「コピー基地を強襲せよ！」クリア |
| コピー軍団を追撃せよ！ | Gエンフォーサー、Gイントルーダー×2を撃破 | Gエンフォーサー、Gイントルーダー、ビーソーサーIV | アルテマ | 宝：爆裂剣、エリクサー、ミスリル、ダークマター | (M)「特殊部隊を殲滅せよ！」クリア |
| コピー軍団を撃破せよ！ | Gポプリタイ×6を撃破 | Gエンフォーサー、Gポプリタイ、Gヘタイロイ | デブチョコボの羽×3 | 宝：フェニックスの尾 | (M)「コピー軍団を追撃せよ！」クリア |
| ジェネシス軍団の最後 | Gレニゲイト、クレイジーソードを撃破 | Gエンフォーサー、Gポプリタイ、クレイジーソード | SPターボ攻撃 | 宝：ダークマター、20万ギル、フェニックスの尾 | (M)「コピー軍団を撃破せよ！」クリア |
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